Seznam projektov

Metodološki pristopi k analizam genomske pestrosti in ekološke plastičnosti gomoljik iz naravnih rastišč

Metodološki pristopi k analizam genomske pestrosti in ekološke plastičnosti gomoljik iz naravnih rastišč
Status
Aktiven
Vodja projekta
Oddelek
Oddelek za gozdno fiziologijo in genetiko
Partnerji
Vodilna inštitucija: Gozdarski inštitut Slovenije, Sodelujoče inštitucije:Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta, Institut Jožef Stefan, Inštitut za okolje in prostor

Opis projekta

Gomoljike so ektomikorizne glive, pogoste, in za preživetje ekosistema pomembne na revnih in pionirskih tleh. Visoko so cenjene tudi zaradi podzemnih trosnjakov, ki pritegnejo zaradi nevsakdanjih in vrstno specifičnih arom. Gomoljike so znane predvsem s področja Mediterana, medtem ko na trgu redko najdemo ustrezno deklarirane gomoljike z ostalih področij, kljub temu, da večina vrst uspeva široko razširjeno na celotnem območju Balkana in vzhodne Evrope. V študiji se bomo omejili na dve vrsti: Tuber magnatum in Tuber aestivum. Vrsta Tuber magnatum dosega med vsemi gomoljikami najvišje vrednosti a je tudi najmanj razširjena, saj jo najdemo le v nižinskih gozdovih od Italije do Romunije in Grčije. Nasprotno je vrsta Tuber aestivum najbolje razširjena komercialna vrsta gomoljike v Evrope, najdemo jo od borealnih področij na severu to Mediterana. Tarčni vrsti se bistveno razlikuje tudi po svoji ekologiji in sposobnosti uspevanja v različnih okoljih in gozdnih sestojih. Odgovorna na vprašanje zakaj tako velike razlike med sicer sorodnima vrstama, še nimamo, ravno tako ni znana znotraj vrstna pestrost funkcionalnih genov, z izjemo nekaj markerjev primarno namenjenih identifikaciji vrst.

S primerjalno genomiko želimo ugotovili 1.)kateri molekularni markerji vodijo široko prilagodljivost ene vrste in ozko specializacijo druge, sicer sorodne vrste; 2.) ali lahko z variabilnostjo pojasnimo geografske vzorce distribucije; 3.) povežemo genomsko pestrost metabolnih poti za tvorbo arom in 4.) molekulske markerje kjerkoli v genomu povežemo z izvorom in kvaliteto gomoljik. Na vsa vprašanja bomo odgovorili z metodami primerjalne genomike velikega števila sevov, ki izhajajo iz abiotsko in biotski (ekološko) različnih in jasno opredeljenih področij in gozdnih sestojev vzdolž areala vrste in smo jim predhodno opredelili kvaliteto arom. Sevi so na voljo v zbirki na Gozdarskem inštitutu Slovenije in/ali pri partnerjih iz tujine.

Genomsko DNA bomo izolirali po optimizirani metodi izolacije. Za sekvenciranje bomo uporabili platformo MiSeq ali HiSeq in knjižnico s kratkimi vključki in približno 30× globino sekvenciranja za ponovno sekvenciranje. Z uporabo sekvenciranja Nanopore bomo izboljšali sestavljanje podatkov Illumina. Sekvencirali bomo najmanj 30 sevov vrste Tuber magnatum in 30 sevov vrste Tuber aestivum. Za bioinformatske analize bomo uporabili nabor orodij in verig orodij, ki z uporabo statističnih orodjih na ravni celotnih genomov ter nabora ekoloških in geografskih podatkov omogočajo, da bomo odgovoriti na vprašanje kako se ekološke razlike med široko razširjeno vrsto Tuber aestivum in visoko specializirano vrsto Tuber magnatum odražajo na ravni celotnega genoma.

Resekvenciranje večjega števila genomov znotraj iste vrste predstavlja prvi tovrstni projekt pri gomoljikah. Pričakujemo, da bomo ugotovili do sedaj neopaženo znotraj vrstno pestrost več molekularnih markerjev, pojasnili ekološke strategije dveh komercialnih vrst gomoljik, ugotovili ali obstaja določena raven znotraj vrste pestrosti in ali lahko genomsko pestrost povežemo s sestavo/kvaliteto arom. Globalno bodo doprinesli k boljšemu poznavanju pestrosti gomoljik in posledično zmanjševanju precenjevanja gomoljik iz nekaterih geografskih regij. Hkrati bodo rezultat sekvenciranja genomov omogočali izdelavo markerjev za definicijo porekla in kvalitete. Podatke o prilagoditvah specifičnega genotipa na specifično okolje bomo lahko uporabili za z znanjem podprto prilagoditev postopkov gojena v smeri zagotavljanja za genotip optimalnih rastnih pogojev. Tako na globalni kot na regionalni ravni bo poznavanje mehanizmov prilagajanja sevov omogočalo usmerjeno selekcijo genotipov za specifična okolja. Glede na to, da gomoljike pridobivajo na popularnosti, predvidevamo poleg izvirnih objav, tudi implementacijo rezultatov predlaganega projekta na področjih izobraževanja, razvoja tehnologij s partnerskimi inštitucijami ter podporo z znanjem pri razvoju zelenega turizma in izboljšave metod gojenja gomoljik.

Izbrana bibiliografia

GRUPE II, Arthur C., SULZBACHER, Marcelo Aloisio, GREBENC, Tine, HEALY, Rosanne, BONITO, Gregory, SMITH, Matthew E. Tuber brennemanii and Tuber floridanum : two new Tuber species are among the most commonly detected ectomycorrhizal taxa within commercial pecan (Carya illinoinensis) orchards. Mycologia, ISSN 0027-5514, 2018, vol. 110, iss. 4, str. 780-790, ilustr., graf. prikazi. https://doi.org/10.1080/00275514.2018.1490121, doi: 10.1080/00275514.2018.1490121. [COBISS.SI-ID 5154470], [JCR, SNIP, WoS do 13. 1. 2019: št. citatov (TC): 1, čistih citatov (CI): 1, Scopus do 20. 10. 2018: št. citatov (TC): 0, čistih citatov (CI): 0]

SULZBACHER, Marcelo Aloisio, HAMANN, Jonas Janner, FRONZA, Diniz, SEMINOTI JACQUES, Rodrigo Josemar, GIACHINI, Admir Jose, GREBENC, Tine, ANTONIOLLI, Zaida Ines. Fungos ectomicorrízicos em plantações de nogueira-pecã e o potencial da truficultura no Brasil = Ectomycorrhizal fungi in pecan orchards and the potential of truffle cultivation in Brazil. Ciência Florestal, ISSN 1980-5098, jun. 2019, vol. 29, nu. 2, str. 975-987, ilustr. https://periodicos.ufsm.br/cienciaflorestal/article/view/27581, http://dirros.openscience.si/IzpisGradiva.php?id=9549, doi: 10.5902/1980509827581. [COBISS.SI-ID 5435814], [JCR, SNIP]

LINDE, Sietse van der, SUZ, L. M., ORME, C. David L., COX, Filipa, ANDREAE, Henning, ASI, Endla, ATKINSON, Bonnie, BENHAM, Sue, GREBENC, Tine, ŽLINDRA, Daniel, et al. Environment and host as large-scale controls of ectomycorrhizal fungi. Nature : the international weekly journal of science, ISSN 0028-0836. [Print ed.], Jun. 2018, vol. 558, str. 243-[258], graf. prikazi, zvd. tabele. https://www.nature.com/articles/s41586-018-0189-9, doi: 10.1038/s41586-018-0189-9. [COBISS.SI-ID 5104806], [JCR, SNIP, WoS do 11. 8. 2019: št. citatov (TC): 25, čistih citatov (CI): 24, Scopus do 29. 4. 2019: št. citatov (TC): 21, čistih citatov (CI): 20]

ZAMORA, Juan Carlos, SVENSSON, Måns, KIRSCHNER, Roland, OLARIAGA IBARGUREN, Ibai, RYMAN, Svengunnar, PARRA, Luis Alberto, GEML, József, ROSLING, Anna, ADAMČÍK, Slavomír, GREBENC, Tine, et al. Considerations and consequences of allowing DNA sequence data as types of fungal taxa. IMA fungus, ISSN 2210-6340, 2018, vol. 9, no. 1, str. 167-175. https://doi.org/10.5598/imafungus.2018.09.01.10, doi: 10.5598/imafungus.2018.09.01.10. [COBISS.SI-ID 5098406], [JCR, SNIP, WoS do 10. 3. 2019: št. citatov (TC): 4, čistih citatov (CI): 4, Scopus do 29. 4. 2019: št. citatov (TC): 4, čistih citatov (CI): 4]

MILENKOVIĆ, Miroljub, GREBENC, Tine, MARKOVIĆ, Miroslav, IVANČEVIĆ, Boris. Tuber petrophilum, a new truffle species from Serbia. Mycotaxon : an international journal for research on taxonomy & nomenclature of fungi, including Lichens, ISSN 0093-4666, 2015, vol. 130, str. 1141-1152, ilustr. http://dx.doi.org/10.5248/130.1141, doi: 10.5248/130.1141. [COBISS.SI-ID 4259238], [JCR, SNIP, WoS do 10. 3. 2019: št. citatov (TC): 2, čistih citatov (CI): 2, Scopus do 28. 4. 2019: št. citatov (TC): 2, čistih citatov (CI): 2]

GREBENC, Tine, KRAIGHER, Hojka, MARTIN P., Maria, PILTAVER, Andrej, RATOŠA, Ivan. Research and cultivation of truffes in Slovenia : current status. V: CHEVALIER, Gérard (ur.). La culture de la truffe : dans la monde. [Brive-la-Gaillarde: INRA. 2008], str. 183-191, ilustr. [COBISS.SI-ID 2130342]

DACINGER, Renata (urednik, oseba, ki intervjuva), ČUČEK, Anja (scenarist, oseba, ki intervjuva), GREBENC, Tine (intervjuvanec), VOLK, Žarko (intervjuvanec), STROJNIK, Lidija (intervjuvanec), KRAJNC, Bor (intervjuvanec), UNUK, Tina (intervjuvanec), BAJC, Marko (intervjuvanec), DAVIDOVIĆ, Nejc (intervjuvanec). Dragulji gastronomije, (Ugriznimo znanost). Ljubljana: TV Slovenija, 2018. https://4d.rtvslo.si/arhiv/ugriznimo-znanost/174567736. [COBISS.SI-ID 5222822]

GREBENC, Tine. 2500 evrov za čudne podzemne gobe : Slovenija je ena redkih držav, kjer rastejo najžlahtnejši tartufi : prispevek v oddaji 24UR Fokus, prvič predvajano na POPTVv 13. 11. 2016. http://www.24ur.com/novice/slovenija/temna-stran-tartufov-zastrupljanje-kraje-ponaredki-in-crni-trg.html. [COBISS.SI-ID 4576934]

UNUK, Tina, KRAIGHER, Hojka, GREBENC, Tine. Nasadi gomoljik - teoretične osnove : predavanje v okviru "Gojenje gomoljik v Sloveniji - možnosti in priložnosti za razvoj podeželja, Ljubljana, Državni zbor, 7. marec 2017. [COBISS.SI-ID 4844966]

GREBENC, Tine. Truffles in Slovenia : from native sites to plantations : predavanje na mednarodni konferenci 4. Feria Internacional de la Trufa, Rivabellosa, 10.-20. 1. 2019. [COBISS.SI-ID 5296550]

Naša spletna stran uporablja piškotke, ki se naložijo na vaš računalnik. Ali se za boljše delovanje strani strinjate z njihovo uporabo?

Več o uporabi piškotkov

Uporaba piškotkov na naši spletni strani

Pravna podlaga

Podlaga za obvestilo je spremenjeni Zakon o elektronskih komunikacijah (Uradni list št. 109/2012; v nadaljevanju ZEKom-1), ki je začel veljati v začetku leta 2013. Prinesel je nova pravila glede uporabe piškotkov in podobnih tehnologij za shranjevanje informacij ali dostop do informacij, shranjenih na računalniku ali mobilni napravi uporabnika.

Kaj so piškotki?

Piškotki so majhne datoteke, pomembne za delovanje spletnih strani, največkrat z namenom, da je uporabnikova izkušnja boljša.

Piškotek običajno vsebuje zaporedje črk in številk, ki se naloži na uporabnikov računalnik, ko ta obišče določeno spletno stran. Ob vsakem ponovnem obisku bo spletna stran pridobila podatek o naloženem piškotku in uporabnika prepoznala.

Poleg funkcije izboljšanja uporabniške izkušnje je njihov namen različen. Piškotki se lahko uporabljajo tudi za analizo vedenja ali prepoznavanje uporabnikov. Zato ločimo različne vrste piškotkov.

Vrste piškotkov, ki jih uporabljamo na tej spletni strani

Piškotki, ki jih uporabljamo na tej strani sledijo smernicam:

1. Nujno potrebni piškotki

Tovrstni piškotki omogočajo uporabo nujno potrebnih komponent za pravilno delovanje spletne strani. Brez teh piškotov servisi, ki jih želite uporabljati na tej spletni strani, ne bi delovali pravilno (npr. prijava, nakupni proces, ...).

2. Izkustveni piškotki

Tovrstni piškotki zbirajo podatke, kako se uporabniki vedejo na spletni strani z namenom izboljšanja izkustvene komponente spletne strani (npr. katere dele spletne strani obiskujejo najpogosteje). Ti piškotki ne zbirajo informacij, preko katerih bi lahko identificirali uporabnika.

3. Funkcionalni piškotki

Tovrstni piškotki omogočajo spletni strani, da si zapomni nekatere vaše nastavitve in izbire (npr. uporabniško ime, jezik, regijo) in zagotavlja napredne, personalizirane funkcije. Tovrstni piškotki lahko omogočajo sledenje vašim akcijam na spletni strani.

4. Oglasni ali ciljani piškotki

Tovrstne piškotke najpogosteje uporabljajo oglaševalska in družabna omrežja (tretje strani) z namenom, da vam prikažejo bolj ciljane oglase, omejujejo ponavljanje oglasov ali merijo učinkovitost oglaševalskih akcij. Tovrstni piškotki lahko omogočajo sledenje vašim akcijam na spletu.

Nadzor piškotkov

Za uporabo piškotkov se odločate sami. Piškotke lahko vedno odstranite in s tem odstranite vašo prepoznavnost na spletu. Prav tako večino brskalnikov lahko nastavite tako, da piškotkov ne shranjujejo.

Za informacije o možnostih posameznih brskalnikov predlagamo, da si ogledate nastavitve.

Upravljalec piškotkov

Gozdarski inštitut Slovenije